Tepelné trubice majú od prírody niekoľko základných obmedzení:
1. Obmedzenie kapacity prenosu tepla:Tepelné trubice nemusia byť vhodné pre aplikácie s vysokým výkonom kvôli ich obmedzenej schopnosti prenášať teplo. Takéto okolnosti si môžu vyžadovať dodatočné chladiace mechanizmy.
2. Orientačná citlivosť:Tepelné trubice sú citlivé na svoju orientáciu. Pri nesprávnom umiestnení nemusia fungovať efektívne.
3. Citlivosť faktorov prostredia:Tepelné trubice sú tiež veľmi citlivé na faktory prostredia, ako je tlak a teplota, ktoré môžu ovplyvniť ich výkon.
4. Obmedzený teplotný rozsah:Tepelné trubice majú obmedzený teplotný rozsah, v ktorom efektívne fungujú. Mimo tohto rozsahu sa ich výkon môže zhoršiť.
5. Obmedzená kompatibilita štruktúry knôtu:Ich použitie môže byť za určitých okolností obmedzené z dôvodu obmedzení typov štruktúr knôtu, ktoré fungujú s tepelnými trubicami.
6. Zložitosť výroby:Tepelné trubice nemusia byť v niektorých odvetviach široko používané, pretože sú náročné na výrobu.